Фумигационный Отряд создан в 1962 г. Госинспекцией по карантину растений Министерства Сельского Хозяйства СССР, приказом Министерства Сельского Хозяйства Российской Федерации №735 от 14 мая 2003 г. переименован в Федеральное Государственное Унитарное Предприятие Республиканский Фумигационный Отряд. ФГУП Республиканский Фумигационный Отряд входит в структуру Федеральной службы по ветеренарному и фитосанитарному надзору и совместно с другими подразделениями карантина растений образует единую федеральную централизованную систему государственных органов, обеспечивающих карантин растений.
Основное направление деятельности ФГУП Республиканский Фумигационный Отряд, дезинсекция объектов любого целевого назначения, зданий, строений, сооружений, резервуаров, мест складирования, элеваторов, оборудования, транспортных средств, контейнеров, всей номенклатуры подкарантинной продукции (подкарантинного материала, подкарантинного груза) и иных объектов, которые способны являться источниками распространения вредителей запасов, карантинных объектов.